En el año 180, el Imperio Romano domina todo el mundo conocido. Tras una gran victoria sobre los bárbaros del norte, el anciano emperador Marco Aurelio (Richard Harris) decide transferir el poder a Máximo (Russell Crowe), bravo general de sus ejércitos y hombre de inquebrantable lealtad al imperio. Pero su hijo Cómodo (Joaquin Phoenix), que aspiraba al trono, no lo acepta y trata de asesinar a Máximo.

Siglo XIV. Fray Guillermo de Baskerville (Sean Connery), monje franciscano y antiguo inquisidor, y su inseparable discípulo, el novicio Adso de Melk (Christian Slater), visitan una abadía benedictina, situada en el norte de Italia, para esclarecer una serie de asesinatos misteriosos.

Un misionero jesuita del siglo XVIII, el padre Gabriel, es aceptado por los indios guaraníes y crea la misión de San Carlos, en la jungla tropical sudamericana que está por encima de las cataratas del Iguazú, siguiendo el camino de un jesuita crucificado, sin más armas que su fe y una flauta. A sus acólitos se une Rodrigo de Mendoza, hasta entonces un violento traficante de esclavos, mercenario y asesino, que encuentra su redención entre sus antiguas víctimas, convirtiéndose a su vez en jesuita.